Für die Stilllegung, den sicheren Einschluss und den Abbau eines Kernkraftwerks ist eine Genehmigung nach § 7 Absatz 3 Atomgesetz (AtG) erforderlich. In der Regel besteht ein Stilllegungsprojekt aus mehreren Phasen, für die jeweils eigenständige Genehmigungen erteilt werden. Die insgesamt geplanten Maßnahmen des Stilllegungsvorhabens sind gemäß § 19b Absatz 1 Atomrechtliche Verfahrensverordnung (AtVfV) in der ersten Stilllegungsgenehmigung zu beschreiben. Das Genehmigungsverfahren richtet sich im Wesentlichen nach den Rechtsvorschriften für Genehmigungen nach § 7 Absatz 1 AtG. Ergänzend wird der "Leitfaden zur Stilllegung, zum sicheren Einschluss und zum Abbau von Anlagen oder Anlagenteilen nach § 7 des Atomgesetzes" vom 17. Juni 2016 (Stilllegungsleitfaden) als Orientierungshilfe herangezogen, der vom Bundesumweltministerium zusammen mit den zuständigen Genehmigungs- und Aufsichtsbehörden der Länder erarbeitet wurde. Der Stilllegungsleitfaden enthält alle relevanten Aspekte des Genehmigungs- und Aufsichtsverfahrens und Vorschläge für die Vorgehensweise bei Stilllegung und Abbau von Kernkraftwerken. Die ESK hat am 16. März 2015 ihre Empfehlung "Leitlinien zur Stilllegung kerntechnischer Anlagen" verabschiedet, die sich die ESK als eigenen Bewertungsmaßstab zur Beurteilung aller Maßnahmen nach der endgültigen Einstellung des Anlagenbetriebes bis zur Erreichung des Stilllegungsziels geschaffen hat.