Es lassen sich zwei grundlegende Strategien unterscheiden, nach denen die Stilllegung durchgeführt werden kann: der direkte Abbau oder der Abbau nach einem sicheren Einschluss. Das Atomgesetz (AtG) sah beide Stilllegungsstrategien ursprünglich als gleichwertig an. Mit dem Gesetz zur Neuordnung der Verantwortung in der kerntechnischen Entsorgung wurde auch Paragraf 7 Absatz 3 AtG geändert und festgelegt, dass Kernkraftwerke, deren Berechtigung zum Leistungsbetrieb erloschen ist oder deren Leistungsbetrieb endgültig beendet ist und deren Betreiber Einzahlende nach Paragraf 2 Absatz 1 Satz 1 des Entsorgungsfondsgesetzes sind, unverzüglich stillzulegen und abzubauen sind. Der sichere Einschluss ist somit für Kernkraftwerke keine Option mehr. Die zuständige Behörde kann im Einzelfall für Anlagenteile vorübergehende Ausnahmen zulassen, soweit und solange dies aus Gründen des Strahlenschutzes erforderlich ist.

Unabhängig von der Stilllegungsstrategie schließt sich in der Regel an die endgültige Abschaltung und vor dem Beginn der eigentlichen Stilllegung die sogenannte Nachbetriebsphase an. In diesem Zeitraum können Brennelemente abtransportiert oder die Betriebsmedien und -abfälle entsorgt werden, sofern dies durch die Betriebsgenehmigung des Kernkraftwerks abgedeckt ist. Erst nach Erteilung der Stilllegungsgenehmigung können die konkreten Stilllegungs- und Abbautätigkeiten beginnen.